La insurrección le costó la expulsión del campeonato por viajar sin el permiso, afortunadamente la Srta. Maruja Arosemena entonces Reina de Guayaquil, solicitó a la Federación que fueran rehabilitados, gracias a eso aparecieron en 1934 en la Serie C. Así durante las décadas del 30′ y 40′, Barcelona deambuló por la Serie B y Serie C de los torneos rentados del Puerto Principal. En 1932, bajo el nombre de Asociación Guayaquil, viajó a Quito, a competir en fútbol, natación y patines. Con su primer título en mano, el del Campeonato del Guayas de 1950 – el último Torneo de la era amateur- conseguido el 20 de noviembre, el Barcelona Sporting Club y otros clubes tales como: el Emelec, Norte América, 9 de Octubre, Everest y Reed Club, deciden dar paso a la profesionalización del fútbol, conforme lo hacía la corriente regional y forman la Asociación de Fútbol del Guayas, más conocida como Asoguayas, logrando la independencia de Fedeguayas y se procede a disputar el primer torneo provincial de fútbol profesional con la participación de los formadores de Asoguayas y otros clubes que se sumaron al primer torneo. Este ente rector decide hacer un torneo promocional previo al primer campeonato profesional de 1951. Barcelona ganó este torneo en 1950, logrando ser el primer campeón profesional en el país, sin embargo, dicho torneo no fue avalado oficialmente ni por la Asoguayas ni por un ente nacional este deporte.
Calidad profesional. Fácil de pedir y reordenar. Las voladas de Romo, la sólida defensiva del «Pibe» Sánchez y Benítez, la clase armónica, veloz y eficiente de la línea media que formaban Montalván, Jorge Cantos y Solís, con los que alternaban Heráclides Marín y Manuel Valle, y la sinfonía de tejidas y goles del Quinteto de Oro: Jiménez, Cantos, Chuchuca, Vargas y Andrade provocaban emociones supremas en las graderías que se encendían con la famosa «Bicicleta» de Pajarito Cantos y los goles de Chuchuca que transformaban derrotas en sonoras victorias. Fausto Montalván, que ya estaba en Barcelona en 1945, fue el encargado de convenceer a sus ex compañeros y fue así como Romo, los Cantos, Valle, Ricaurte, Ordóñez, Lara, Pelusa Vargas y otros ficharon por el Barcelona y ya estaban listos para ser titulares. La CNMV ha querido adelantarse y ser el primer supervisor europeo en poner coto a la publicidad que se efectúa de forma masiva, como clubes de fútbol o ‘influencers’. Este año ganaron invictos el Campeonato de Serie C de 1934 y ascendieron a la Serie B en 1935. De esa forma y recién en 1943, conducido en la cancha por Roberto Espíndola y Wilfrido Rumbea, Barcelona vuelve a ubicarse en los torneos de primera categoría.
31 de agosto de 1949 Barcelona enfrenta al mejor equipo del mundo de ese entonces Millonarios de Colombia, que contaba en sus filas a los famosos Adolfo Pedernera, Julio Cozzi, Néstor Raúl Rossi y Alfredo Di Stéfano; en un gran partido jugado en Guayaquil los toreros contaban con puros jugadores criollos venció a este poderoso plantel 3-2, Enrique Cantos abrió el marcador luego Pedernera y Di Stéfano pusieron en ventaja a los bogotanos, futboloo.com luego faltando 15 minutos para el final Jorge «Mocho» Rodríguez igualó y a los 85 Víctor Lindor pone la victoria. El Millonarios era considerado en esa época como el mejor equipo del mundo y contaba con jugadores de gran reputación como Alfredo Di Stéfano, Néstor Raúl Rossi y Adolfo Pedernera. El primer equipo campeón de Barcelona lo conformaban los arqueros Jorge Delgado y Enrique Romo; en la defensa contaba con Carlos Sánchez y Juan Benítez; entre los hombres del medio campo tenían a Galo Solís, Jorge Cantos, Heráclides Marín y Fausto Montalván y de los delanteros de la época estaban José Jiménez, Manuel Rodríguez, Enrique “pajarito” Cantos, Sigifredo Chuchuca, José Vargas (el Pelusa) y Guido Andrade; todo bajo la presidencia de Federico Muñoz Medina. Desde 1947 los ex panamitos se unieron a Sigifredo Chuchuca, Juan Benítez, José Jiménez, Manuel Nivela, Montalván y Marlon Armijos y formaron el que estaba destinado a ser la mayor emoción popular en el fútbol del Ecuador: el Barcelona S.C.