Barcelona llegaba golpeado ya que esta vez le tocaba jugar contra Deportivo Cuenca de visita, finalmente el cuadro canario logra ganar el partido por 1×2 con goles de Narciso Mina y el capitán del equipo Matias Oyola descontando para los locales Miller Castillo. La reacción de la hinchada y de varios sectores de la prensa presionó para que exista un acercamiento entre la directiva del Barcelona y Zubeldía para gestionar un eventual retorno del entrenador argentino, sin embargo, éste se negó. Esta temporada 2012 corresponde al segundo año de mandato de Antonio Noboa como presidente de la institución para el período 2011-15. El entrenador argentino Luis Zubeldía fue ratificado como director técnico del plantel de fútbol. Barcelona SC en sus nueve primeros partidos peleaba los primeros lugares de la tabla de posiciones, pero tras un empate a un gol con Liga de Quito el 8 de abril, el presidente Noboa y Zubeldía protagonizaron una acalorada discusión que terminó en falta de respeto entre ellos, al siguiente día Zubeldía declaró su irrevocable decisión de renuncia al club.
Entre las opciones para el reemplazo oficial de la dirigencia técnica constaba Omar Asad, el cual la prensa daba por contratado extraoficialmente, sin embargo, el 11 de abril se confirmó la contratación de Gustavo Costas, quién llegó a Guayaquil al día siguiente, pero dirigió el partido de la fecha 11, lo que quedó de labor para los técnicos interinos donde el equipo fue goleado 3-0 a favor del Deportivo Quito. Para la 6.ª fecha se venía el clásico más importante de Ecuador, el Clásico del Astillero contra Emelec, este partido iba a ser tan importante ya que el que ganaba se convertiría en el nuevo líder del Campeonato Ecuatoriano, Barcelona SC logra ganar el partido por un resultado de 1×2 con goles a favor de Damián Díaz y Narciso Mina, por parte de Emelec descontó su juvenil Eddy Corozo. La mayor diferencia es en el número del pivote defensivo que pasa a ser el 4. Mostraremos un clásico 1-4-4-2 inglés. Tras la llegada de Rubén Darío Insúa a mediados de la temporada 2010, en el 2011 este se hizo cargo del plantel en la pre-temporada y los 10 primeros partidos de la primera etapa del campeonato nacional, sin embargo, debido a resultados de poco favorables fue separado de la institución.
Además, la camiseta estrena en esta temporada el logo de Spotify, patrocinador principal del Club que lucirá en el frontal del pecho, y también el mensaje solidario de apoyo a los refugiados con el logo de UNHCR/ACNUR bajo el número del dorsal. En la temporada 2013 se ratificó a Gustavo Costas, después de haber logrado el año anterior conseguir el décimo cuarto título nacional. El Ídolo del Ecuador era prácticamente Campeón ya que solo tenía que ganar al Manta FC para ya no tener que disputar final y ser Campeón directo pero Manta vino a Guayaquil a proponer y saco un valioso empate de 0x0 lo cual ponía más en prórroga la definición del Título. Barcelona tenía que ir de visita al Macara de Ambato en el Estadio Bellavista, donde el Ídolo no había podido ganar en todo el año, los amarillos solo tenían que ganar para así ya ser campeones cosa que sucedió con un resultado de 0x2 con goles del José «el ringo» Amaya y Narciso Mina, proclamándose de esta manera Barcelona Campeón faltando aun una fecha. Barcelona ya como campeón tenía que jugar la última fecha con Olmedo quien ya descendió de categoría, al final del partido Barcelona termina ganando 3×1. Luego de dos magníficas etapas Barcelona SC se corona campeón al terminar ambas etapas en primer lugar.
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